Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế TP.HCM (1989) đã được giao nhiệm vụ như một trường đại học y khoa của Thành phố Hồ Chí Minh. Trong suốt quá trình phát triển hai thập kỷ, Trung tâm đã đào tạo nhiều thế hệ bác sĩ đa khoa chính quy, đóng góp nguồn nhân lực quan trọng cho hệ thống y tế của thành phố, đồng thời cung cấp một lực lượng đáng kể điều dưỡng và bác sĩ tuyến y tế cơ sở theo hệ đào tạo tập trung, bổ sung nhân lực cho các khu vực vùng sâu, vùng xa thuộc các tỉnh thành phía Nam.
Năm 2008, Trường ĐHYK Phạm Ngọc Thạch được thành lập trên cơ sở Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế TP. HCM. Ngày 19/11/2018, Khoa Y được thành lập theo quyết định số 4683/QĐ-TĐHYKPNT, với chức năng là một đơn vị chuyên môn thuộc Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch chịu trách nhiệm đào tạo bác sĩ đa khoa và các ngành, chuyên ngành đào tạo sau đại học của ngành Y khoa trên cơ sở kế thừa nhiệm vụ đào tạo ngành Y khoa của Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế TP.HCM. Đến nay, Khoa Y có 4 CTĐT trình độ TS, 8 CTĐT trình độ ThS, 17 CTĐT CKII, 18 CTĐT CKI, 10 CTĐT BSNT và 1 CTĐT trình độ ĐH.
Khoa Y hiện tại bao gồm Ban lãnh đạo Khoa, Hội đồng Khoa học và Đào tạo Khoa, văn phòng khoa, 27 bộ môn và 1 phân môn trực thuộc, các Ban thuộc khoa với trưởng khoa là PGS.TS. BSCKII. Trần Thị Khánh Tường.
Văn phòng khoa Y được thành lập vào ngày 03/04/2019 theo quyết định số 1156/QĐ-TĐHYKPNT với Trưởng Văn phòng Khoa Y là TS.BS. Phan Thái Hảo.
Hình 1. Lãnh đạo Khoa Y, Văn phòng Khoa Y và các Ban thuộc khoa Y
Hình 2. Ban Quản lý Đào tạo
Trưởng Ban: ThS.BSCKII. Phan Thái Hảo.
Phó trưởng Ban: ThS.BSCKII. Nguyễn Thị Tuyên Trân
Thành viên: BS.CKII. Đoàn Lê Minh Hạnh, ThS.BS. Trần Thị Thanh Vy, ThS.BSCII. Trương Thị Bích Hà, ThS.BS. Huỳnh Thị Tiểu Niệm
Hình 3. Ban Hành chính - Tổ chức
Trưởng Ban: Bà Trần Thị Lan
Thành viên: Bà Bùi Thị Xuân Ngân, Bà Phan Phương Thảo, Bà Phan Thị Hồng Dung, Bà Nguyễn Thị Bích Thủy, Bà Chu Hoàng Phú Khuê
Hình 4. Ban Nghiên cứu khoa học
Trưởng Ban: Ths.Bs.CK2. Nguyễn Minh Đức
Phó ban: Ths. Bs. Bùi Hiếu Anh
Thành viên: Ths. Bs. CK2. Mai Duy Linh, Ts. Bs. Trần Đức Sĩ, Ths. Bs. Phạm Trần Diệu Hiền
Hình 5. Ban Đào tạo Liên tục
Trưởng Ban: Ths. Bs. Nguyễn Kim Vũ
Phó Trưởng Ban: Ths. Bs. Hồ Sĩ Dũng
Thành Viên: Ông Nguyễn Nhật Đông, Bà Trần Thị Lan, Bà Nguyễn Thị Bích Thủy, Bà Chu Hoàng Phú Khuê
Hình 6. Ban Khảo thí và Đảm bảo chất lượng
Trưởng Ban: Ths. Bs. Nguyễn Đình Thắng
Phó Trưởng Ban: Ths. Bs. Nguyễn Sĩ Phương Thảo
Thành Viên: Ths. Bs. CK2. Vũ Ngọc Anh Tuấn, Ths. Bs. CK2. Nguyễn Xuân Vũ, Ths. Bs. CK1. Trần Phạm Phương Thư
Hình 7. Ban Đối ngoại - Hợp tác quốc tế
Trưởng Ban: TS. BS. Cao Đình Hưng
Phó Trưởng Ban: ThS. BS. Nguyễn Tiến Hưng
Thành Viên: TS. BS. Hoàng Huy Trường, BS. Phan Kim Mỹ