Hiện nay, theo khung chương trình đào tạo của trường Đại học Y Khoa Phạm Ngọc Thạch, Khoa Y đã và đang đào tạo các loại hình như sau:
- Bác sĩ y khoa hệ 6 năm
- Bác sĩ nội trú
- Bác sĩ chuyên khoa cấp I
- Thạc sĩ y khoa
- Bác sĩ chuyên khoa cấp II
- Tiến sĩ y khoa
Trước năm 2017, theo chương trình đào tạo bác sĩ y khoa hệ 6 năm, Khoa Y đào tạo theo niên chế.
Từ năm học 2017-2018, Khoa Y bắt đầu đào tạo theo tín chỉ cho các lớp Y năm thứ 2. Khoa Y cũng sẽ xây dựng và đào tạo theo chương trình mới dựa trên chuẩn năng lực (chuẩn đầu ra). Theo phương pháp đào tạo này, sinh viên sẽ được tạo điều kiện học chủ động và được thực hành nhiều hơn. Các chuyên ngành đào tạo bao gồm:
Mắt, Chẩn đoán hình ảnh, Tai mũi họng, Huyết học, Y học cổ truyền, Da liễu, Y học gia đình, Tâm thần, Tâm thần nhi chu sinh, Thần kinh, Ngoại thần kinh, Phẫu thuật tạo hình thẩm mỹ, Chấn thương chỉnh hình, Lao và bệnh phổi, Y học thể dục thể thao, Cấp cứu hồi sức chống độc, Gây mê hồi sức, Lão khoa, Nội tổng quát, Ngoại khoa, Thận niệu-Nam khoa, Phẫu thuật tim mạch lồng ngực, Sản phụ khoa, Nhi khoa, Nhiễm, Ngoại nhi, Kiểm soát nhiễm khuẩn và dịch tễ bệnh học bệnh viện, Ung bướu.